Kun ajattelemme merta, ajattelemme usein suolaista vettä. Itämeren vesi ei kuitenkaan ole yhtä suolaista kuin valtameren vesi. Itämeri on murtovesialue. Se tarkoittaa, että siellä on sekä makeaa että suolaista vettä. Tähän on kaksi tärkeää syytä. Itämereen tulee paljon makeaa vettä, mutta vain vähän suolaista vettä.
Itämeren ympärillä on hyvin suuri maa-alue. Sade ja sulava lumi tulevat puroihin, järviin ja jokiin. Joet vievät tämän veden lopulta Itämereen. Tätä suurta aluetta kutsutaan valuma-alueeksi. Itämeren valuma-alue on yli neljä kertaa suurempi kuin itse meri. Siksi Itämereen tulee paljon makeaa vettä.
Jokivesi on makeaa vettä. Siinä ei ole paljon suolaa. Kun joet tuovat paljon vettä mereen, merivedessä on vähemmän suolaa. Tätä tapahtuu Itämerellä koko ajan. Keväällä lunta sulaa paljon, ja vettä tulee jokiin vielä enemmän. Siksi ympäröivä maa vaikuttaa paljon Itämeren veteen.
Suolaista vettä tulee Itämereen lännestä, Pohjanmereltä. Veden täytyy kulkea Tanskan salmien kautta. Salmet ovat kapeita ja melko matalia. Siksi suolainen merivesi ei pääse Itämereen helposti. Joskus voimakas tuuli tuo enemmän suolaista vettä Itämereen. Näin ei kuitenkaan tapahdu koko ajan.
Vesi vaihtuu Itämeressä hitaasti. HELCOMin mukaan koko vesimäärän vaihtuminen kestää noin 30 vuotta. Tänä aikana joet tuovat koko ajan uutta makeaa vettä mereen. Suolaista vettä tulee Pohjanmereltä hitaammin. Siksi Itämeri pysyy melko vähäsuolaisena pitkään.
Itämeren vesi ei ole yhtä suolaista kaikkialla. Lähellä Tanskaa vesi on suolaisempaa, koska Pohjanmeri on lähellä. Itämeren keskiosassa pintaveden suolapitoisuus on usein noin 7–8 psu. Pohjoisessa ja idässä se voi olla vain 0–2 psu. Näillä alueilla tulee paljon jokivettä. Ne ovat myös kaukana Pohjanmerestä. Siksi vesi on siellä vähemmän suolaista.
Suolaisempi vesi on tiheämpää kuin vähemmän suolainen vesi. Siksi se painuu helpommin syvälle. Vähemmän suolainen vesi jää usein lähemmäs pintaa. Näin mereen voi syntyä erilaisia vesikerroksia. Pinnalla oleva vesi voi olla vähemmän suolaista kuin syvällä oleva vesi. Itämeren vesi ei siis sekoitu samalla tavalla kaikkialla.
Itämeri on vähän suolainen kahdesta tärkeästä syystä. Ensiksi joet tuovat sinne paljon makeaa vettä. Toiseksi suolaista vettä tulee Pohjanmereltä vain kapeiden salmien kautta. Lisäksi vesi vaihtuu Itämeressä hitaasti. Siksi makean veden vaikutus on suuri. Tämän vuoksi Itämeri on paljon vähemmän suolainen kuin valtameri.